Bulan November 2019, sebuah berita muncul dari Republik Rakyat Tiongkok, bahwa ada virus baru yang sebelumnya tidak diketahui, dan berpotensi menular secara cepat. Baru belakangan diketahui, bahwa virus tidak diketahui tersebut adalah Novel Coronavirus-19. Di Indonesia, khususnya wilayah Keuskupan Agung Semarang, pencegahannya dilakukan secara bertahap, mulai dari larangan menyediakan air suci di depan pintu masuk gereja, tidak dianjurkan untuk bersalaman pada saat Salam Damai, wajib memakai masker, hingga larangan berkegiatan di gereja sampai batas waktu yang belum ditentukan.

Pada tanggal 19 Maret 2020, Mgr. Robertus Rubiyatmoko mengeluarkan surat gembala bernomor 0332/A/X/20-13, yang menyatakan bahwa atas dasar pengamatan terhadap pola penularan Coronavirus-19 melalui media perjumpaan dengan banyak orang, masukan-masukan dan rapat dengan kuria keuskupan, maka seluruh kegiatan kegerejaan di wilayah Keuskupan Agung Semarang dari tanggal 20 Maret hingga 3 April 2020 ditiadakan. Adapun kegiatan-kegiatan tersebut meliputi:

1. Misa harian dan misa mingguan. Misa mingguan disiarkan secara online dengan bantuan Doa Komuni Batin atau Spiritual Communion karena tidak bisa menerima Komuni Suci secara fisik);
2. Misa lingkungan dan misa dengan intensi atau ujud;
3. Pengakuan dosa massal, namun tetap dibuka bagi yang ingin mengaku dosa secara pribadi di paroki;
4. Renungan APP dan kegiatan Jalan Salib;
5. Latihan-latihan persiapan Pekan Suci;
6. Kursus-kursus dan Pembinaan Iman;
7. Rapat; dan
8. Pertemuan-pertemuan lain

Namun, situasi yang berubah dengan drastis membuat Bapa Uskup segera mengeluarkan surat edaran terbaru bernomor 0338/A/X/20-15, tertanggal 23 Maret 2020. Dalam surat edaran tersebut, mempertimbangkan Dekrit Kongregasi untuk Ibadat Ilahi dan Tata Tertib Sakramen no. 153/20 tertanggal 19 Maret 2020 tentang Perayaan Pekan Suci di Masa Covid-19, kebijakan-kebijakan pemerintah pusat dan daerah, serta masukan dari berbagai pihak, maka rapat kuria keuskupan agung pada tanggal 23 Maret 2020 memutuskan untuk memperpanjang masa darurat peribadatan dengan meniadakan seluruh kegiatan kegerejaan yang melibatkan banyak orang sampai tanggal 30 April 2020 atau hingga keluar kebijakan baru. Perayaan Pekan Suci, Misa Mingguan, Misa Harian, dan Misa Ujud yang dilaksanakan di gereja, kapel, maupun lingkungan, diganti dengan siaran langsung melalui kanal YouTube atau radio. Pendek kata, dalam situasi tersebut, gereja mendadak menjadi sepi karena keadaan yang memaksa dan situasi yang serba tidak menentu akibat wabah yang tidak terduga ini.

Hal yang demikian terjadi pula di Paroki Santo Aloysius Mojosongo Surakarta. Pada saat itu, seluruh umat sedang bersiap-siap merayakan Pekan Suci dengan Wilayah Santa Veronika sebagai panitianya. Segala urusan administrasi kepanitiaan, latihan-latihan, rencana sewa, dan koordinasi personel sudah dilaksanakan, namun dengan turunnya surat-surat dari keuskupan tersebut, maka seluruh kegiatan yang telah disiapkan harus dihentikan. Rencana untuk mengirim komuni kepada umat pada saat Minggu Paskah pun juga dibatalkan, atas pertimbangan keamanan, kesehatan, dan penuturan Bapa Uskup dalam homili Misa Vigili Paskah di Katedral Randusari, tanggal 11 April 2020. Praktis, rencana perayaan Pekan Suci 2020 terpaksa berhenti di tengah jalan. Untuk sementara waktu, gereja tidak lagi riuh ramai dengan umat yang datang dengan semangat untuk mengikuti misa. Ibadat Jumat Agung pada tahun itu, yang dilaksanakan pada tanggal 10 April 2020 hanya diikuti oleh beberapa umat saja. Pembagian komuni kepada umat yang sedianya akan dilaksanakan pada Hari Raya Kebangkitan Tuhan, 12 April 2020, dibatalkan karena resiko penularan yang bisa terjadi antara penerima dan yang menerimakan komuni. Perihal pembatalan pembagian komuni kepada umat ini diperkuat dengan pernyataan Mgr. Rubiyatmoko dalam homilinya pada Perayaan Ekaristi Vigili Paskah dari Katedral Randusari Semarang, tanggal 11 April 2024. Beliau menekankan aspek keselamatan dan ketenangan umat dalam menghadapi pandemi ini, memilih untuk “menanggung dosa dan tanggung jawab atas keputusan saya yang tidak mengizinkan pembagian komuni kepada umat Keuskupan Agung Semarang di masa pandemi ini”.

Paroki Santo Aloysius Mojosongo menghadapi situasi tidak terduga ini dengan membentuk Satgas Pandemi Covid-19 yang diketuai oleh Bapak A. Gatot Budiwantoko. Segala persiapan pun dilakukan, seperti membeli semprotan desinfektan beserta larutannya, memberi jarak pada tempat duduk umat, melakukan pembersihan setiap kali misa selesai dilaksanakan, meniadakan air suci di pintu masuk gereja, meniadakan salaman antarumat pada saat salam damai, dan mengadakan kartu pass untuk umat yang ingin mengikuti misa, baik di misa mingguan, misa harian, maupun misa hari raya. Untuk umat usia lanjut yang tidak mampu mengikuti misa secara langsung, paroki menugaskan tim Komsos Paroki Mojosongo untuk menyiarkan perayaan ekaristi lewat media YouTube, dan mengirimkan komuni lewat petugas khusus yang ditunjuk di setiap tempat per lingkungan bagi umat yang tidak dapat mengikuti perayaan ekaristi secara langsung.

Keadaan pada saat itu sangat genting. Beberapa tokoh umat sempat diberitakan terjangkit virus ini, bahkan hingga meninggal dunia, salah satunya adalah Bapak Ignatius Eko Suprapto, mantan ketua wilayah dan wakil ketua DP Paroki Administratif Mojosongo yang menjabat tahun 2013 hingga 2018.